MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Haloquadratum walsbyi C23 plasmid PL6A

Total Repeats: 103

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017460	GAC	2	6	423	428	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805045
2	NC_017460	GCACTC	2	12	448	459	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385805045
3	NC_017460	ATA	2	6	500	505	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385805045
4	NC_017460	TCGAC	2	10	506	515	20 %	20 %	20 %	40 %	385805045
5	NC_017460	CGA	2	6	540	545	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805045
6	NC_017460	GCGA	2	8	551	558	25 %	0 %	50 %	25 %	385805045
7	NC_017460	GTC	2	6	574	579	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385805045
8	NC_017460	CGA	2	6	629	634	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805045
9	NC_017460	GTC	2	6	670	675	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385805045
10	NC_017460	GA	3	6	683	688	50 %	0 %	50 %	0 %	385805045
11	NC_017460	AC	3	6	797	802	50 %	0 %	0 %	50 %	385805045
12	NC_017460	CAC	2	6	835	840	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385805045
13	NC_017460	ACG	2	6	964	969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805045
14	NC_017460	TCG	2	6	993	998	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385805045
15	NC_017460	GTCT	2	8	1144	1151	0 %	50 %	25 %	25 %	385805045
16	NC_017460	GTT	2	6	1164	1169	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385805045
17	NC_017460	AAC	2	6	1204	1209	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385805045
18	NC_017460	CGA	2	6	1212	1217	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805045
19	NC_017460	GAC	2	6	1228	1233	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805045
20	NC_017460	GCAAT	2	10	1252	1261	40 %	20 %	20 %	20 %	385805045
21	NC_017460	CGA	2	6	1283	1288	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805046
22	NC_017460	CGC	2	6	1293	1298	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385805046
23	NC_017460	CGAGAC	2	12	1406	1417	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805046
24	NC_017460	ACG	2	6	1491	1496	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805046
25	NC_017460	A	7	7	1573	1579	100 %	0 %	0 %	0 %	385805046
26	NC_017460	CGT	2	6	1608	1613	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385805046
27	NC_017460	GAAC	2	8	1673	1680	50 %	0 %	25 %	25 %	385805046
28	NC_017460	ACG	2	6	1681	1686	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805046
29	NC_017460	TG	3	6	1747	1752	0 %	50 %	50 %	0 %	385805046
30	NC_017460	CGTG	2	8	1838	1845	0 %	25 %	50 %	25 %	385805046
31	NC_017460	GA	3	6	1962	1967	50 %	0 %	50 %	0 %	385805046
32	NC_017460	TTA	2	6	1985	1990	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385805046
33	NC_017460	AG	3	6	2014	2019	50 %	0 %	50 %	0 %	385805046
34	NC_017460	ACT	2	6	2065	2070	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385805046
35	NC_017460	CT	3	6	2109	2114	0 %	50 %	0 %	50 %	385805046
36	NC_017460	GAC	2	6	2154	2159	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805046
37	NC_017460	AC	3	6	2158	2163	50 %	0 %	0 %	50 %	385805046
38	NC_017460	CGA	2	6	2174	2179	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805046
39	NC_017460	TCGACC	2	12	2326	2337	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385805046
40	NC_017460	GTCG	2	8	2363	2370	0 %	25 %	50 %	25 %	385805046
41	NC_017460	GGT	2	6	2439	2444	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385805046
42	NC_017460	GAC	2	6	2479	2484	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805046
43	NC_017460	AC	4	8	2532	2539	50 %	0 %	0 %	50 %	385805046
44	NC_017460	CAA	2	6	2607	2612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385805046
45	NC_017460	CGC	2	6	2624	2629	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385805046
46	NC_017460	TTG	2	6	2692	2697	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385805046
47	NC_017460	ACAACG	2	12	2725	2736	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385805046
48	NC_017460	ATC	2	6	2748	2753	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385805046
49	NC_017460	AAG	2	6	2779	2784	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385805046
50	NC_017460	GAC	2	6	2880	2885	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805046
51	NC_017460	CTC	2	6	2952	2957	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385805046
52	NC_017460	ATC	2	6	3717	3722	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385805047
53	NC_017460	CTTG	2	8	3740	3747	0 %	50 %	25 %	25 %	385805047
54	NC_017460	GGT	2	6	3748	3753	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385805047
55	NC_017460	ATGT	2	8	3778	3785	25 %	50 %	25 %	0 %	385805047
56	NC_017460	CCT	2	6	3788	3793	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385805047
57	NC_017460	CGA	2	6	3797	3802	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385805047
58	NC_017460	TTA	2	6	3820	3825	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385805047
59	NC_017460	ATCT	2	8	3833	3840	25 %	50 %	0 %	25 %	385805047
60	NC_017460	CGATT	2	10	3924	3933	20 %	40 %	20 %	20 %	385805047
61	NC_017460	TTCT	2	8	3936	3943	0 %	75 %	0 %	25 %	385805047
62	NC_017460	TG	3	6	3951	3956	0 %	50 %	50 %	0 %	385805047
63	NC_017460	GTC	2	6	4137	4142	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385805048
64	NC_017460	GGT	2	6	4155	4160	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385805048
65	NC_017460	GTCG	2	8	4161	4168	0 %	25 %	50 %	25 %	385805048
66	NC_017460	ACA	2	6	4216	4221	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385805048
67	NC_017460	CTT	2	6	4295	4300	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385805048
68	NC_017460	TCA	2	6	4354	4359	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385805048
69	NC_017460	GAT	2	6	4360	4365	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385805048
70	NC_017460	AGT	2	6	4366	4371	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385805048
71	NC_017460	T	6	6	4377	4382	0 %	100 %	0 %	0 %	385805048
72	NC_017460	TC	3	6	4527	4532	0 %	50 %	0 %	50 %	385805048
73	NC_017460	CGT	2	6	4678	4683	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385805048
74	NC_017460	CCGGCA	2	12	4690	4701	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385805048
75	NC_017460	TC	3	6	4761	4766	0 %	50 %	0 %	50 %	385805048
76	NC_017460	TC	3	6	4795	4800	0 %	50 %	0 %	50 %	385805048
77	NC_017460	CGG	2	6	4850	4855	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	385805048
78	NC_017460	ATA	2	6	4900	4905	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385805048
79	NC_017460	CAC	2	6	4910	4915	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385805048
80	NC_017460	ATC	2	6	4947	4952	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385805048
81	NC_017460	TC	3	6	4966	4971	0 %	50 %	0 %	50 %	385805048
82	NC_017460	ATT	2	6	4978	4983	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385805048
83	NC_017460	ATC	2	6	5024	5029	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385805049
84	NC_017460	GA	3	6	5031	5036	50 %	0 %	50 %	0 %	385805049
85	NC_017460	CAT	2	6	5065	5070	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385805049
86	NC_017460	CGGT	2	8	5153	5160	0 %	25 %	50 %	25 %	385805049
87	NC_017460	TCC	2	6	5172	5177	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385805049
88	NC_017460	TTG	2	6	5203	5208	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385805049
89	NC_017460	ACA	2	6	5247	5252	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385805049
90	NC_017460	TTG	2	6	5258	5263	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385805049
91	NC_017460	GTC	2	6	5296	5301	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385805049
92	NC_017460	CA	3	6	5388	5393	50 %	0 %	0 %	50 %	385805049
93	NC_017460	GAA	2	6	5410	5415	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385805049
94	NC_017460	GAAT	2	8	5438	5445	50 %	25 %	25 %	0 %	385805049
95	NC_017460	TTGC	2	8	5470	5477	0 %	50 %	25 %	25 %	385805049
96	NC_017460	TTTC	2	8	5557	5564	0 %	75 %	0 %	25 %	385805049
97	NC_017460	CGT	3	9	5587	5595	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385805049
98	NC_017460	GGT	2	6	5630	5635	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385805049
99	NC_017460	TGA	2	6	5715	5720	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385805050
100	NC_017460	ACC	2	6	5752	5757	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385805050
101	NC_017460	GTTT	2	8	5814	5821	0 %	75 %	25 %	0 %	385805050
102	NC_017460	TG	3	6	5855	5860	0 %	50 %	50 %	0 %	385805050
103	NC_017460	TCA	2	6	6008	6013	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385805050

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.